Historia
Fue levantada en épocas muy remotas por los legendarios indios babahuyus, integrantes de la confederación Huancavilca, quienes en 1535 ofrecieron tenaz resistencia a los conquistadores españoles. Pacificada la región, en 1596 fue organizada como Tenencia, dependiente del Corregimiento de Guayaquil. Se cree que el año de 1796 el Cap. Carlos de Betember y Platzaen, adquirieron sus territorios con dineros de sus peculios, e iniciaron el levantamiento de una ciudad a la que llamaron “Santa Rita”; pero ha podido comprobarse documentalmente que esto no es así, ya que la población de Santa Rita de Babahoyo es mucho más antigua.
Originalmente ocupó la margen derecha del río Babahoyo, y en épocas de la colonia se convirtió en un importante centro de tráfico comercial entre las poblaciones de la Costa y de la Sierra, Por mucho tiempo se llamó Bodegas, por haber estado allí ubicadas la Aduana y los Almacenes Reales, para el control del comercio entre Guayaquily las ciudades de la Sierra ecuatoriana.
Una vez que la independencia de Guayaquil se alcanzó con el esfuerzo de sus propios hijos, la buena nueva recorrió casi todo el litoral y gran parte de la sierra. Por esto, el amor por la libertad se acrecentó y poco a poco los pueblos enfervorizados proclamaron su rompimiento de las cadenas hispanas. Bodegas de Babahoyo sería uno de los primeros, pues apenas a dos días del pronunciamiento de Guayaquil, este haría pública también su declaración de libertad suscrita por sus hijos. Babahoyo ha sido en la historia ecuatoriana una ciudad distinguida por hijos heroicos y trabajadores quienes no se han querido descargar golpes mortales a su tierra sea en incendios, inundaciones y sequías. El 11 de octubre de 1820, Babahoyo proclama su emancipación política y pasa a constituirse en la principal ciudad de organización de las fuerzas libertadoras a la patria. En la histórica Hacienda Elvira ocurren durante el 3 y 10 de mayo de 1845 los combates de las tropas marcistas contra las del presidente Juan José Flores. Y en la Hacienda Virginia, son firmados el 17 de junio del mismo año, los convenios de paz, que ponen término a la dominación Floreana en el país. Al ser creada la Provincia de los Ríos el 6 de octubre de 1860, Babahoyo pasa a ser provisionalmente su capital.
Otro de los hechos históricos que a marcado la historia de los babahoyenses, es la creencia infundada de que el incendio del 30 de marzo de 1867 redujo a escombros a la ciudad de Babahoyo; hecho que a podido comprobarse documentadamente no fue así, ya que este solo destruyó una parte muy pequeña de la ciudad.
Es por esto que después del incendio del 30 de marzo de 1867, sus habitantes junto al Concejo Cantonal el cual estaba presidido por don José Ramón Verdezoto se negaron al pretendido traslado de la ciudad de Santa Rita de Babahoyo al banco de la hacienda Elvira; ya que este traslado beneficiaba económicamente a la familia Flores Jijón al vender estos los solares de su hacienda Elvira a los habitantes que deseasen asentarse en ella; entablandose a partir de ese momento un conflicto entre la municipalidad de Babahoyo, institución que defendia los intereses de los babahoyenses y el Gobierno Nacional quienes respaldaban la venta lucrativa de los solares de la hacienda Elvira de los Flores Jijón. Es por eso que documentalmente se a establecido que el 27 de mayo de 1867, es un error histórico que se a mantenido infundadamente.